Nel 1309 la chiesa di Santa Maria Maddalena era unita all’antico Ospedale degli Esposti, già esistente dal 1260. Entrambi erano sotto la giurisdizione del Comune di Udine che pertanto ne gestiva i beni. Dalla seconda metà del XV secolo l’amministrazione dell’ospedale venne conferita al Collegio dei notai, che però nel 1584, a fronte delle spese insostenibili, la ricedette al Comune e all’Ospedale di Santa Maria dei Battuti. Successivamente la chiesa fu abbandonata fino a quando nel 1643 Giovanni Francesco Romanetti superiori, Carlo Soardo e Sebastian Gorgo, coadiutori della congregazione dell’oratorio di S. Filippo Neri, ottengono il libero uso dell’edificio religioso e l’affitto delle case annesse con il cortile e l’orto. Il 20 novembre del 1649 il Patriarca Marco Gradenigo concede a Padre Gaspare Colombina di poter amministrare i sacramenti e la divina parola.

Nei primi anni del XVIII secolo furono eseguiti importanti interventi di rifacimento sia della chiesa sia degli edifici adiacenti, come riportano le bolle patriarcali del 1702 e del 1709, conclusisi nel 1715 con la benedizione del Patriarca Dionisio Delfino.

Nel 1856 fu realizzata la nuova facciata grazie alle copiose offerte di privati ed in modo particolare dalla contessa Lucia Beretta Puppi. I lavori interessarono l’omissione di tutte le pattere e fori circolari, perché non molto in carattere con lo stile della chiesa, e portare la trabeazione intermedia del prospetto in relazione col coperto delle navate laterali della chiesa anziché attenerla alla ricorrenza del vicino oratorio. Negli anni successivi l’edificio fu sconsacrato, passando definitivamente all’amministrazione comunale che intervenne con opere di adattamento della struttura a palestra di ginnastica. Alla vigilia della prima guerra mondiale il Comune di Udine decise di abbattere la chiesa di Santa Maria Maddalena per far posto ad un nuovo edificio da destinarsi agli uffici postali. Il 16 maggio 1921 le prime tegole iniziarono ad essere tolte. Nel 1926 il nuovo palazzo venne inaugurato.