La prima memoria dei Frati minori a Udine si ha con la prima domenica di luglio del 1266, quando il patriarca Gregorio di Montelongo ( 1251-1269), consacrò solennemente l'altare maggiore e la chiesa di S. Francesco; i lavori iniziarono nel 1235 e vennero ultimati nel 1261. Il patriarca stesso fece costruire il convento annesso e ne promosse lo sviluppo.

Nel 1771 i frati Francescani lasciarono libero il convento e si ritirarono nel 1791 presso l'ex monastero dei Carmelitani in via Aquileia i quali lo avevano da poco abbandonato in forza delle leggi venete sulla concentrazione e soppressione di talune congregazioni ( da questo momento la chiesa di S. Francesco assunse la denominazione di “Chiesa dell'Ospedale”).

Il monastero fu utilizzato come ospedale cittadino fino agli anni venti del XX secolo, mentre la chiesa fu impiegata come deposito.
La chiesa è stata pesantemente danneggiata dai bombardamenti della seconda guerra mondiale ( 7 marzo 1945) poi restaurata. A partire dagli ultimi decenni è usata per mostre temporanee, soprattutto di artisti locali.
Il monastero, invece, fu usato prima come Museo di storia e, dopo un lungo e pesante restauro, è diventato il Tribunale della città di Udine.