Costruito inizialmente ad Aquileia nel 485, come tempio pagano dedicato a Beleno, fu incorporato nel IX secolo al monastero dei SS. Gervasio e Protasio, posto alla base del colle di Udine. Dal 1340 la chiesa dei SS. Gervasio e Protasio fu ceduta ai padri Celestini, fino alla soppressione dell'ordine nel 1479, e successivamente, con la bolla papale del 1482, passò ai "Servi di Maria". Verso la fine del XV secolo fu esposta all'interno della cappella un'antica immagine della Madonna, a cui si attribuivano dei miracoli, e da quel momento la chiesa cambiò nome in "Madonna delle Grazie". Nel 1806 le leggi napoleoniche costrinsero i padri Serviti a lasciare la città, fino al 1923 quando vennero richiamati al Santuario e assunsero la cura della parrocchia.

Il convento conserva ancora la sua funzione originaria