Il monastero di Santa Chiara fu costruito a partire dal 1294 lungo l'attuale via Gemona. Il complesso religioso fu consacrato nel 1306 dal patriarca Ottobono, successore di Raimondo della Torre, e altri illustri vescovi delle città limitrofe.

Nel corso del XIV secolo le Clarisse raggiunsero sempre più importanza e rilievo all'interno della società udinese e grazie a lasciti e donazioni vennero in possesso di un numero cospicuo di possedimenti terrieri, amministrati però dai Francescani. La gestione di tali beni da parte dei Frati Minori creò dei dissidi tra loro e la famiglia Uccellis, la quale rivendicava il diritto di giuspatronato dal momento che aveva sostenuto la costruzione del monastero. Così, nel 1398, papa Bonifacio IX concesse definitivamente i diritti di giuspatronato alla famiglia Uccellis.

Nel XV secolo le vicende riguardanti l'ordine religioso non sono particolarmente documentate. Fondamentale però fu l'avvicinamento delle Clarisse alla noblità della città e, come si vedrà nel capitolo successivo, il testamento fondante dell'attuale Collegio Uccellis.

Nel 1613, dopo un lungo periodo di tensioni tra l'ordine udinese e l'Inquisizione romana che arrivò ad accusare le monache di eresia, venne definita la riforma della Regola. A partire dal XVI secolo, anche grazie alle donazioni cittadine, furono eseguiti dei lavori di modifica e ampliamento del complesso religioso, che terminarono entro la prima metà del XVIII secolo.

Tra il 1806 e il 1810 anche le Clarisse subirono le conseguenze derivate dalle leggi napoleoniche, le quali prevedevano la soppressione di monasteri e conventi e la requisizione dei beni relativi. Tuttavia, il decreto Groppelli stabilì che tutti i convitti utili per l'educazione femminile dovessero rimanere nello stesso stato monastico o divenire semplici convitti, ai quali possano aggregarsi ex-monache. Grazie all'attività didattica che le Clarisse conducevano da quasi tre secoli per le giovani ragazze locali, il monastero fu scelto come sede scolastica statale: anche se tale provvedimento sconvolse l'organizzazione e snaturò la Regola delle Clarisse, l'11 marzo 1811 le monache iniziarono ad insegnare nel "Collegio femminile d'educazione", sotto la protezione e il controllo dello Stato.

Nel 1866, con l'aggregazione al Regno d'Italia e l'applicazione della nuova normativa relativa alle corporazioni religiose, le Clarisse dovettero abbandonare l'insegnamento e la sede monastica. Trasferitesi presso le consorelle di Santa Maria delle Grazie, restarono a Udine ancora per circa un secolo. Il complesso religioso continua ancora oggi ad ospitare un istituto d'istruzione.