La chiesa di Santa Chiara fu edificata lungo l'attuale via Gemona nello stesso anno in cui fu costruito il monastero delle Clarisse, dove un tempo era situato l'oratorio dedicato a San Giovanni Battista. Terminata nel 1303, la piccola chiesa era collocata accanto al monastero in modo tale che le monache potessero raggiungere facilmente il loro luogo di culto.

In seguito alle decisioni strategiche per la difesa della città dalle scorrerie dei Turchi, fu demolita nel 1571 la chiesa dedicata a San Quirino e le Clarisse dovettero aprire il loro luogo di culto alla popolazione di Borgo Gemona. La decisione del patriarca Francesco Barbaro di istituire nel 1599 una nuova parrocchia proprio nella chiesa di Santa Chiara in modo tale da accogliere tutti i fedeli di San Quirino e Santa Lucia, però, non fu accolta facilmente dalle monache, le quali si vedevano private della loro libertà. Dopo insistenti solleciti e lamentele, la situazione si sbloccò nel 1681, quando fu deciso di ripristinare la chiesa e la parrocchia di San Quirino. Nel 1703 i lavori della nuova chesa di San Quirino terminarono, ripristinando così la situazione originaria

Vi è memoria anche dell'esistenza di una piccola chiesiolla della B. Vergine della Misericordia annessa a quella di detto monastero, la quale fu demolita nel 1703.

Sebbene scontente, le religiose trassero beneficio da questo lungo periodo che accrebbe la loro popolarità e il loro patrimonio: risalgono a questo periodo i grandi lavori di modifica e rifacimento della chiesa.