La chiesa di S. Eufemia fu fondata prima dell'anno 1000, fu ricostruita nel 1091.

Dal 1491 fu in mano agli Agostiniani che seguirono i dettami del Concilio di Trento e nella seconda metà del XVI secolo dotarono la chiesa di nuove cappelle. Gli Agostiniani fecero modificare radicalmente l'architettura romanica della chiesa. Dal 1632 al 1654 fu abbassato il livello del pavimento a mosaico, qualche anno dopo i pilastri vennero rivestiti con decorazione barocche. Nel 1747 fu alzato il livello del tetto per problemi di stabilità della volta e furono modificate le finestre. Nel 1757 vennero rifatti la facciata ed il pronao.

Nel 1836 la torre campanaria fu demolita perchè era a rischio crollo e fu ricostruita.

Dal 1898 al 1905 fu condotta da Camillo Guidotti una radicale campagna di restauro. Il suo progetto fu approvato sia dalla Regione che dal Ministero e interessò in particolare la facciata, che venne liberata dal barocco e riportata ad uno stile medievaleggiante.

Anche all'interno i pilastri tornarono allo stile originario, erano stati rivestiti di intonaco in modo che la loro pianta risultasse quadrata. Venne scoperto che tutti i sottarchi erano costituiti da un'alternanza di mattoni chiaro e scuro, questa cosa piaque molto a Guidotti e volle portare la bicromia sul tutte le nervature delle volte dipingendo con colore bianco e rosso mattone.

All'interno la chiesa viene arredata con dipinti nuovi, vetrate e ferro battuto. Guidotti progettò la demolizione di tutte le cappelle ma, bloccato dal parroco, si limitò a coprirne qualcuna in prossimità del transetto. La cappella di S. Agostino, attualmente visibile è quella del XVI secolo, fu salvata per la ricchezza e la bellezza dei suoi ornamenti.