La chiesa di S. Savino fu fondata già nel V secolo dal Vescovo Savino. Fino al X secolo ci sono pochissime notizie su questa chiesa, si sa solo che fu gravemente danneggiata da un'incursione avvenuta nell'anno 899. Fu il vescovo Sigifredo, nella seconda metà del XI secolo ad iniziare la ricostruzione in stile romanico. Nel 1630 la chiesa subì rimaneggiamenti in stile barocco.

Nel 1881 il vescovo Gianbattista Scalabrini fa una ricognizione delle reliquie e, con una lettera pubblicata sulla stampa locale, comunica il suo interesse affinchè la chiesa venga restaurata.

Nel 1902 venne deliberata la campagna di restauro e i lavori furono affidati ad Ettore Martini, collaboratore di Guidotti durante i restauri della Cattedrale. Una fase importante è costituita dalla riapertura di una vecchia scala che collegava la navata centrale con la cripta sottostante.

Martini effettua la pulitura dell'interno della chiesa, con la rimozione degli stucchi e dell'intonaco, il ripristino delle finestre ed il consolidamento del campanile. Il lavoro più immane fu lo scavo per il recupero del tracciato dell'abside maggiore. Seguì una lunga serie di demolizioni che portarono da un lato, una grande quantità di detriti misti a terriccio, dall'altro al recupero di materiale laterizio frammentario romano che venne riutilizzato. 

Nel 1903 i lavori ebbero una sosta perchè, i restauratori furono accusati di non attenersi alle norme sulla tutela dei monumenti emanate nell'anno precedente. Fortunatamente il sopralluogo ispettivo permise il prosieguo. I lavori più complessi che riguardarono le coperture del lato nord e le absidi furono affidati a Pietro Berzolla nel 1956.