La campagna di restauri per la Chiesa di S. Francesco inizò nella seconda metà del XIX secolo sotto la guida del parroco Emmanueli. Gli interventi principali consistettero nel consolidamento delle contrafforti sul lato nord, nel restauro del tetto e delle absidi e nelle nuove decorazioni interne in stile neo-gotico. Nel 1879, grazie ai contributi del Comune di Piacenza venne rifatta tutta la pavimentazione in marmo bianco e nero. Dal 1885 in poi inizia una seconda fase di restauro più significativa, infatti, fin qui erano stati fatti solo lavori di manutenzione. Si vuole recuperare lo stile originario e si tende a demolire tutto ciò che è barocco, ma la demolizione di un grande pergamo all'interno della chiesa crea instabilità e lo stesso dicasi per le botteghe di orafi costruite sull'attuale via XX Settembre che si addossano sul fianco della costruzione. Viene risparmiato un altare barocco dedicato a S. Antonino perchè considerato pregevole. Ma nel 1916 Camillo Guidotti ripropone la demolizione di questo altare e delle botteghe di orafi che il Sovrintendente respinge nuovamente. Nel 1931 l'archietto Ettore Martini che successe a Guidotti viene incaricato di trovare delle soluzioni nuove, più lineari e non più "gothic revival". Questo abbandono della ricerca del neo-gotico fu evidenziato anche nella nuova sistemazione della piazza antistante che venne aperta a seguito di molte demolizioni.