La chiesa di S. Giovanni in Canale ed il convento annesso vennero costruiti nel 1220 dai frati domenicani. Nel 1522  subì non pochi i rimaneggiamenti: all'interno il soffitto a capriate fu sostituito da una volta a botte, le finestre furono trasformate in cappelle e la facciata in stile romanico venne trasformata in stile rinascimentale. Furono aperti due portali laterali e il rosone fu trasformato in una grande finestra trifora. Dopo la soppressione napoleonica degli ordini religiosi, i locali della chiesa furono riutilizzati in vario modo, per esempio il chiostro fu trasformato in una scuderia e durante la prima guerra mondiale la chiesa divenne un deposito di cereali.

Dopo la guerra il parroco spinse per il restauro che inizierà solo dopo il 1928 grazie alla scoperta di un affresco quattrocentesco in una cappella laterale, che fornisce uno spunto per ridestare interesse sulla chiesa.

Siccome nella chiesa vi era una mescolanza di stili, fu proposto un ritorno al gotico. Il parroco desiderò il riassetto di alcune cappelle interne che permettesse il completamento della torre campanaria ed il rifacimento della facciata. Ci fu molta insistenza finchè il Ministero si decise ad approvare il progetto di restauro. Il parroco puntava sul fatto che la finestra trifora sul portale centrale era in pessime condizioni di stabilità e bisognava ripristinare il rosone.

Era l'anno 1937 ed iniziava la campagna di restauri. Nella facciata fu ripristinato il rosone, con frammenti originali, al posto della trifora e vennero eliminati i portali laterali e le finestrelle sovrastanti in favore di due finestre monofore conferendo così alla facciata uno stile neo-gotico raffinato ed armonico. L'applicazione di mosaici moderni sulla facciata esterna non fu ben vista.

Nel 1940 si misero le mani sull'interno, venne eliminata la volta a botte e ripristinata quella in stile originario e vennero eliminati anche i decori barocchi, tutte le modifiche furono indirizzate verso il ritorno allo stile primitivo.

Le demolizioni ed i rifacimenti corsero senza sosta, venne modificato tutto il lato sinistro della chiesa in cui furono demolite alcune cappelle e, fu trasformato l'ingresso laterale. I restauri si conclusero nel 1958.