Venne inaugurata nel novembre 1956, con il nome di Biblioteca del Popolo, poco dopo il definitivo ritorno di Trieste all’Italia, grazie all’iniziativa del Commissariato del Governo - Direzione della Pubblica Istruzione e della Soprintendenza Bibliografica per il Veneto Orientale e la Venezia Giulia, con il compito di divulgare presso tutte le classi sociali l’amore per la lettura. Fu organizzata secondo il modello delle public libraries.
L’attività venne inizialmente coordinata dalla Soprintendenza, alla quale, nel 1962, successe il Commissariato Generale per il Territorio di Trieste, che ribadì i compiti di diffusione di opere di recente edizione, di gestione di sale di lettura e prestito domiciliare. Quest’ultimo servizio si estese a “punti di prestito” attivi presso carceri, ospedali, campi profughi e vennero raggiunte, grazie all’impiego di un “bibliobus”, zone periferiche densamente abitate. Fin dalla sua fondazione ebbe un larghissimo seguito, giungendo in breve a registrare oltre centomila prestiti all’anno. Nel 1978 l’istituto entrò a far parte delle Biblioteche Pubbliche Statali del Ministero per i Beni Culturali e Ambientali con il nome di Biblioteca Statale del Popolo. Questo cambiamento apportò un mutamento delle finalità dell’Istituto, che avviò un processo di trasformazione volto ad adeguarlo ai nuovi parametri; venne quindi dedicata maggior attenzione alla documentazione del posseduto, in particolare alla catalogazione semantica. Nel 1995 la Biblioteca aderì al Servizio Bibliotecario Nazionale (SBN), iniziando l’inserimento nel catalogo elettronico del proprio patrimonio. Fino al trasferimento nella sede di palazzo Brambilla-Morpurgo - acquistato e restaurato dal Ministero - l’Istituto continuò comunque ad assolvere il servizio di pubblica lettura, gestendo quattro succursali, delle quali due nel centro cittadino, una terza a Muggia e la quarta al Villaggio del Pescatore, presso Duino. Il Decreto Ministeriale 19 aprile 2012 ha sancito l’intitolazione della Biblioteca a Stelio Crise, accogliendo le motivazioni che hanno evidenziato “… nella figura di Stelio Crise, l’indiscusso apporto umano, professionale, scientifico e l’acclamato impegno a favore della cultura italiana, non solo a Trieste, ma anche a livello nazionale e internazionale e messo in luce inoltre le doti di bibliotecario, intellettuale, critico letterario e scrittore, nonché di prodigo e innovativo Direttore della Biblioteca statale di Trieste, alla cui crescita e sviluppo ha contribuito in maniera determinante e duratura”. Nell’aprile del 2015 la Biblioteca ha inaugurato lo “Studio Luttazzi”, percorso espositivo permanente in ricordo del celebre musicista e showman Lelio Luttazzi, realizzato grazie alla donazione di documenti e materiali da parte della moglie Rossana.