Denominata fino al 1860 Imperial Regia Biblioteca, trae la sua origine dalla biblioteca fondata all'inizio del secolo XVII dai Gesuiti, che, quando nel 1773 Clemente XIV soppresse l’ordine, fu fatta isolare, per volere dell’imperatrice Maria Teresa, dal Convento dei Frati Minori Francescani e nel 1780 fu aperta al pubblico. Per accrescere la consistenza dei fondi librari della Biblioteca l’imperatrice ordinò che ad essa fossero destinati i duplicati della Biblioteca Nazionale di Brera. Seguì il versamento dei fondi delle biblioteche dei conventi soppressi databile a partire dal 1798. La biblioteca pubblica del Convento dei Gesuiti fu infatti l’unica che i rivoluzionari rispettarono. I Gesuiti avevano collocato i loro volumi dividendoli per materia. Il bibliotecario Colla, che rimase alla direzione della biblioteca dal 1834 al 1860, decise di ricollocare i volumi secondo un nuovo ordine - essenzialmente per formato - che per quello che riguarda il fondo antico è stato conservato anche nella nuova sede della Biblioteca, eletta dal 1938 nel cinquecentesco palazzo Affaitati in via Ugolani Dati. Nella Biblioteca statale è depositata in base ad una convenzione risalente al 1885 col Comune di Cremona, anche la Libreria Civica.