L'Abbazia benedettina di Sancta Maria de Pratalea venne fondata nel 1080 e posta alle dipendenze del monastero di S.Benedetto in Polirone da cui si staccò nel 1389 ma solo per essere affidata dalla Santa Sede ad un ecclesiastico regolare in "commenda": il primo fu il card. Francesco Zabarella.

L'unione dal maggio del 1448 con la Congregazione di S.Giustina diede infine nuovo slancio anche alla Biblioteca che si arricchì sia nelle raccolte che negli arredi: plutei, armadi e cassapanche, scaffalature e tele, visibili ancora oggi nella Sala del fuoco comune. La Biblioteca però subì ben due dispersioni: nel 1810 all'arrivo dei Francesi e poi nel 1867 da parte del Regno d'Italia.

In Biblioteca Universitaria si conserva il Ms.2253 "Catalogo de' libri de'padri benedettini di S.Maria di Praglia de' padri riformati di Monselice e de' padri riformati di Padova" in cui sono elencati i 2021 libri, 69 incunaboli e 65 manoscritti scelti nella prima requisizione del 1810. Da un altro catalogo relativo ai volumi entrati in Biblioteca nella seconda requisizione del 1867 "Libri del monastero di Praglia" si ricava che l'Universitaria ricevette un incremento di 3500 opere e 3500 opuscoli e acquisì 150 manoscritti. Dal momento che intorno al 1834 Praglia venne riaperta per concessione di Francesco I d'Austria forse le raccolte vennero restituite, ma il confronto fra il posseduto e gli elenchi è ancora in corso. 

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