Sorta nei pressi della Chiesa edificata nel 504 d.C. dedicata alla martire Giustina, patrona di Padova insieme a S.Daniele, S.Prosdocimo e S.Antonio, fu affidata dal 971 ai monaci benedettini la cui presenza ininterrotta nella preghiera dei salmi e nell'operosità del lavoro quotidiano arriva fino ai nostri giorni. Come in tutta Europa, anche qui si raccolsero intorno allo scriptorium e alla Biblioteca, copisti e miniatori professori e allievi della vicina Università, studiosi e uomini di cultura, attirati dalle raccolte rese sempre più ricche e preziose col passare dei secoli, dal aggiungersi di manoscritti, libri antichi, incisioni, spesso prodotti in loco, acquistati e più spesso donati, anche in grande quantità come nel caso della Biblioteca di Giovanni Poleni fisico, ingegnere ma anche studioso di Vitruvio e di architettura. 

Oggi ne sussiste solo un piccolo nucleo perché la maggior parte dei fondi (80.000 volumi grazie anche al consistente lavoro di riordino portato avanti dall'abate Giovanni Barpo) furono dispersi con la soppressione dei conventi all'arrivo delle truppe napoleoniche nel 1797: in assenza di cataloghi precisi, negli anni convulsi che vedono il succedersi alla Repubblica Cisalpina della prima dominazione austrica dopo Campoformio, il ritorno dei francesi col Regno d'Italia e la seconda dominazione austriaca dopo il trattato di Vienna (1815), il patrimonio librario di S.Giustina si riduce progressivamente: molti libri vengono sottratti dagli stessi frati e spesso venduti a facoltosi stranieri mentre una quarantina fra i piu preziosi manoscritti e incunaboli furono subito requisiti e spediti a Parigi.

La Biblioteca venne dapprima chiusa (1806) e infine nel 1810 demanializzata e venticinque anni dopo nel 1836, i volumi che avrebbero dovuto essere catalogati dal bibliotecario dell'Universitaria Daniele Francesconi perchè assegnati con decreti del 1811 e 1818, erano ancora concentrati presso l'ex convento di S. Francesco Grande insieme alle biblioteche delle altre Corporazioni soppresse.

Alla fine delle ricche raccolte pervennero all'Universitaria 300 codici per lo più di argomento teologico, mentre a tutt'oggi [ottobre 2015] i testi a stampa identificati sono circa 500 e una sessantina di incunaboli. Sei libri antichi sono conservati in Marciana e uno al Correr. L'appartenenza alla antica biblioteca dell'Abbazia quando non eplicitamente menzionata, è riconoscibile esclusivamente attraverso le collocazioni poste sulle controguardie anteriori, talora cancellate e sostituite da altre a seguito di spostamenti all'interno degli armadi. Nella galleria le lettere presenti nell'Archivio della Biblioteca Universitaria che menzionano i libri di S.Giustina come giacenti nelle sale dell'ex Convento di S.Francesco a Padova, uniti a quelli delle altre corporazioni soppresse già depositati a S.Anna (A.B.U.P. Protocollo 1835/36 Busta 13)

Rinata nel 1943 come biblioteca a servizio esclusivo della comunità monastica benedettina di Santa Giustina, grazie a una convenzione periodicamente rinnovata dal 1972, è un Istituto periferico del MIBACT col profilo di Biblioteca pubblica Statale specializzata in scienze religiose.

Bibliografia: La Biblioteca di S. Giustina di Padova: libri e cultura presso i benedettini padovani in età umanistica[a cura di] Giovanna Cantoni Alzati Padova : Antenore, 1982; F.L.Maschietto, Biblioteca e bibliotecari di S. Giustina di Padova 1697-1827, Padova : Antenore, 1981.

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