L'interno del Gesù è a croce latina a tre navate, le due minori a volta e la centrale con magnifico soffitto a cassettoni a grandi lacunari ornati di cornici e di intagli dorati (l’originale andò distrutto durante un incendio nel 1989). Sulla grande navata si aprono cinque archi per lato a pieno centro, sostenuti da pilastri dorici quadrati. Al di sopra degli archi e su tutta la parete corre un’elegante trabeazione, sulla quale poggiano eleganti coretti. Più in alto sono cinque finestre ovali, che in epoca più tarda vennero decorate con ricche e fastose decorazioni barocche a stucco, le quali si sovrappongono agli occhi delle finestre e scemano il buon effetto della luce in modo da lasciare alquanto in penombra la bella e spaziosa aula della chiesa. Un solenne ed armonico arco trionfale introduce l'ampio transetto, il presbiterio e il coro rettangolare.
La facciata è a due ordini sovrapposti. Rimasta incompiuta al primo ordine, la decorazione del secondo ordine fu ideato dal Vignaroli nel 1934 ispirandosi ai motivi accennati nel primo.
Gli altari delle navate sono lignei con colonne scanalate e indorate con colonne sormontate da capitelli di ordine corinzio e frontespizio tagliato, in mezzo al quale sorge un timpano adorno di simboli sacri, che danno a tutti gli altari un aspetto imponente. I quadri di questi altari non sono ora più collocati nel loro luogo d'origine poiché sia durante il periodo napoleonico che fra il 1861 e il 1870 a seguito della demaniazione vennero spostati insieme ad altre opere originariamente appartenenti alla chiesa.
Appartenevano a questa chiesa la Sacra Famiglia di Cesare Franchi, detto il Pollino (secoli XVI – XVII), che presenta otto miniature attorno al quadro, originariamente poste nell'Oratorio degli Artisti, Il Riposo durante la Fuga in Egitto di Orazio Alfani (1550-1555), La presentazione di Gesù al Tempio di Giovanni Battisti Naldini (1577) e Il Cardinale Fulvio della Corgna consegna ai padri Gesuiti il progetto della loro chiesa a Perugia (seconda metà del secolo XVI) posta originariamente sopra la porta della sagrestia e ora collocato a Perugia presso Palazzo Friggeri.