Nel 1566 il cardinal Fulvio della Corgna, vescovo di Perugia, in seguito alla distruzione del cosiddetto palazzo “abrugiato” e alle trasformazioni che interessarono il vicino Seminario, decise di procedere con la ristrutturazione della chiesa della Maestà delle Volte, la cui facciata è stata di recente attribuita all’architetto Bernardino Sozi, dopo esser stata per secoli ritenuta di Valentino Martelli.
Nel 1568 Nicolò Circignani firmò la decorazione della cupola e della volta con le figure degli evangelisti, dei santi Pietro e Paolo, la Cena in Emmaus, grottesche e storie dell’Apocalisse, alla cui realizzazione contribuì, secondo le fonti, anche Giovanni Fiammingo, identificato con Jan Schepers o con Jan Wrage.