Tra i numerosi interventi che modificarono il volto di Perugia nella seconda metà del '500, si inserisce l'edificazione della nuova sede del Seminario, voluta dal cardinale Fulvio della Corgna, una volta riassunto il governo della diocesi perugina nel 1564. Il nuovo edificio, che, con il suo andamento a  "L", univa la cattedrale con la chiesa della Maestà delle Volte, fu costruito sulle ceneri dell'antico palazzo del Governatore di Perugia, volgarmente chiamato "palazzo abrugiato". Situato da questo momento in Piazza Grande, il Seminario venne a trovarsi al centro della vita cittadina civile e religiosa di Perugia, dove rimase attivo fino agli anni Cinquanta del XX secolo.