Altare di San Michele Arcangelo
Il primo altare della navata sinistra, commissionato dalla famiglia Martinengo di Erbusco, è dedicato a San Michele Arcangelo. Al centro della struttura, infatti, si trova la pala d’altare raffigurante L'Arcangelo Michele che scaccia gli angeli ribelli, realizzata da Palma il Giovane. Il complesso marmoreo è caratterizzato da una sobrietà nella soasa in marmo di Botticino e nel fronte di mensa, connotato da una lastra in breccia del Seicento incorniciata da marmo nero. La parte statuaria dell'altare è costituita dai due santi Faustino e Giovita, posti accanto alla base delle colonne, ed è attribuita a Giovanni Antonio Carra, scultore bresciano.
Altare di San Pietro e Santa Teresa d'Avila
Il secondo altare della navata sinistra è dedicato ai santi Pietro e Teresa d'Avila, come indicato dalla tavoletta di marmo nero della cimasa. L'antico patronato, detenuto dalla famiglia Malvezzi, è testimoniato dallo stemma presente sui plinti delle colonne. L'altare è in pietra di Botticino, nero di paragone e breccia, e presenta un impianto severo e una cromia essenziale ispirati ai principi della Controriforma, ben evidenti negli elementi che costituiscono l'ancona e la mensa. La pala di Antonio Gandino "Gesù consegna a Pietro le chiavi" fa da ornamento all’altare e narra l'episodio descritto nel Vangelo di Matteo. Il pittore rappresenta anche Santa Teresa d'Avila in stato di estasi.
Altare di Santa Cecilia
Il terzo altare della navata sinistra, forse, era intitolato alla Madonna del Carmelo e al carmelitano Sant'Andrea Corsini e solo verso la fine del Settecento viene dedicato a Santa Cecilia. L’apparato marmoreo è in pietre e marmi policromi e presenta un'ancona con architrave. Nel paliotto della mensa, in una cornice di marmo nero, è presente una lastra venata, fiancheggiata da due putti. La pala di Giacomo Zanetti raffigura Santa Cecilia, la patrona dei musicisti, seduta sull'organo e circondata da due vergini e dagli angeli (1720-1730 circa).
Altare della Madonna delle Brine
Il quarto altare della navata sinistra deve la sua dedicazione all'icona bizantina che raffigura una Madonna con Bambino, pervenuta presso la chiesa nel 1477 come dono alla città da parte del Padre Generale dell'Ordine Carmelitano Cristoforo Martignoni. La piccola immagine della Madonna è anche detta di San Luca, perché attribuita leggendariamente all'evangelista Luca, mentre la dedicazione alla Madonna delle Brine risale alla seconda metà del XIX secolo. L’altare è in stile barocco e fu realizzato tra il 1735 e il 1737 dallo scultore veneziano Giovanni Maria Morlàiter: è costituito da marmo bianco di Carrara e da breccia rosata. Le statue che sono poste sulle mensole ai lati del complesso marmoreo costituiscono il residuo dell'originale altare seicentesco.
Altare dell'Ascensione
Il quinto altare della navata sinistra è dedicato all'Ascensione, anche se originariamente risultava dedicato a Sant'Orsola. Tra il 1760 e il 1806 la tela di Antonio Gandino, che rappresentava il martirio della santa ed era appositamente concepita per il complesso, venne trasferita presso la prima cappella della navata destra, ora dedicata ai Disciplini. Da questa proviene la pala che ora è presente su questo altare, attribuibile a Pietro Maria Bagnadore con collaborazione anche di altri artisti, tra cui lo stesso Gandino e Pietro Marone.
Altare di Santa Maria Maddalena de' Pazzi
Il sesto altare a sinistra è dedicato a santa Maria Maddalena de’ Pazzi, una religiosa carmelitana vissuta tra il XVI e il XVII secolo. Una prima impostazione venne fatta da Francesco Paglia <maddalena> su commissione di Fra’ Aurelio da Manerba nel 1625; i lavori proseguirono con Domenico Corbarelli, che si occupò della mensa dell’altare verso il 1720. Fu quest’ultimo a introdurre la tecnica a commesso marmoreo, una particolare lavorazione di marmo e pietre dure che consiste nella composizione di sottili lastre fissate su un piano. Corbarelli apparteneva a un’importante famiglia fiorentina di intarsiatori che si firmava con il caratteristico marchio di bottega: il limone tagliato a metà. Per l’utilizzo di questa tecnica sono state impiegate diverse pietre, come il nero di paragone delle colonne, il marmo di Botticino del timpano, i lapislazzuli degli intarsi e madreperla. Al centro del paliotto si trova un medaglione in marmo, in cui è raffigurato in bassorilievo Cristo che appare a Santa Maria de' Pazzi, realizzato da Santo Calegari il Vecchio, un collaboratore della bottega dei Corbarelli che si occupò anche di altre statue per l’altare che sono andate perdute. La pala ospita un dipinto di Paolo Rossini che rappresenta uno dei momenti cardine della vita della Santa, l’istante dello scambio del suo cuore con quello di Gesù.