Il coro
Sulle pareti del coro è rappresentato Sant'Alberto, figura di spicco dell'ordine dei carmelitani di Trapani del XIII secolo. A lui è dedicata anche la quinta cappella della navata destra.
A destra vi è un colonnato che inquadra i personaggi presenti per i funerali del Santo, che giace su un alto catafalco eretto tra le quattro colonne centrali. A lato sono rappresentati eleganti cavalieri armati e religiosi. A sinistra sono raffigurati gli angeli cantori che sorreggono un nastro con la scritta OS IUSTI MEDITABITUR SAPIENTIAM e, sulla parete opposta, la carità del Santo che risana le malattie del corpo e dello spirito. L'anno di realizzazione, il 1584, è testimoniato da due cartigli in alto sulla parete di destra e di sinistra. Gli autori delle quadrature e della parte figurativa sono Domenico Bruni e Ottavio Amigoni.
Nella volta è raffigurata l'Assunzione di Maria di Bernardino Gandino entro quadrature di Domenico Bruni.
Il coro ligneo fu realizzato a partire dagli ultimi anni del XVI secolo da maestranze bresciane, con apporti di altri intagliatori attivi nel secolo successivo.
L'ancona e la pala dell'altare maggiore
Alla fine del XVI secolo l'apparato ligneo incorniciava solo il dipinto dell'Annunciazione e terminava con lo stesso frontone spezzato. L'architettura originale è unica nella città e forse di fattura bresciana ed è strutturata in modo da occupare tutto il lato del poligono di chiusura del coro.
Il dipinto dell'Annunciazione realizzato da Pieter de Witte detto il Candido, pittore fiammingo, fu portato al Carmine il 28 gennaio del 1596 come dono del duca di Baviera Guglielmo V. L'opera presenta due registri orizzontali, il primo con raffigurato l'incontro di Maria con l'angelo annunziante, che con la mano sinistra regge uno stelo di gigli mentre con l'altra mano si rivolge a Maria con gesto di elezione. Il secondo invece raffigura ai lati degli angeli su balconate simmetriche di nubi, al centro la colomba avvolta dalla luce e in alto l'Eterno Padre benedicente.
Nel 1627 una pala superiore fu posta sopra il dipinto di de Witte, all'interno della stessa cornice. Questo dipinto è stato attribuito al pittore bresciano Pietro Maria Bagnadore (1548 circa- 1627 circa) e raffigura la Madonna del Carmelo che fa dono dello scapolare a San Simone Stock. Al centro vi è Maria seduta in un'aureola di nuvole e luce, sulle sue ginocchia Gesù proteso verso alcuni poveri nudi che implorano misericordia sorretti e aiutati da alcuni angeli. A destra vi sono un Carmelitano e il Pontefice, sontuosamente paludato, e dietro di lui un uomo con barba e baffi grigi riconducibile a una persona di cultura. Lo scapolare dato da Maria è il segno del "grande privilegio", la marca tangibile del patronato mariano sul Carmelo.
Il fastigio (l'ornamento in alto) venne tolto, e al suo posto furono inserite quattro mensole, due per lato. Il timpano precedente, ornato da statue dello stesso scultore dei telamoni inferiori, venne sovrapposto.
L'altare maggiore
L'altare maggiore nasce dall'unione di vari interventi. Il primo riguardò il paliotto, realizzato dal lapicida Paolo Piacetta (1603-1663), che fornì anche la pavimentazione dell'area presbiteriale. Il paliotto è costituito da tre formelle in pietra di paragone che racchiudono tre ovali in breccia aurora color ocra: i fondi laterali sono in rilievo mentre quello centrale presenta il rilievo in marmo di Botticino raffigurante l'Annunciazione di Santo Calegari il Vecchio. Quattro angeli carreschi a tutto tondo sorreggono la mensa in marmo di Botticino.
La seconda fase di interventi è rappresentata dal tabernacolo e dalla tribuna espositoria di Domenico Corbarelli e di Santo Calegari, con a lato i gradini dei candelieri in pietra paesina di scuola rezzatese (XVII secolo).
Appartengono a questa fase anche i quattro angeli telamoni di Orazio Marinali che sorreggono i portali laterali.
L'organo Meiarini / Antegnati
L'organo fu costruito tra il 1629 e il 1630 da Tomaso Meiarini e fu montato da Graziadio Antegnati, della famiglia di organari più stimata del tempo. Il prospetto decorativo fu realizzato da Feliciano Galluccio nel 1600 e dipinto intorno al 1650. Lo stile è barocco o forse di un'età precedente ed è caratterizzato da preziosi intagli lignei dorati e policromi, tra cui ghirlande e angeli. Nella parte opposta alla facciata è presente la contro cantoria utilizzata in origine per il coro o per altri strumenti. Il somiere, ovvero l'asse in cui venivano inserite le canne di piombo, è in legno di noce, materiale molto stabile nel tempo.