Negli anni della Grande Guerra la Chiesa di San Francesco alle Scale è utilizzata, già a partire dal 1865/66, come caserma. L’interno viene modificato, dividendo la navata in tre piani. Di conseguenza la facciata varia il suo aspetto con l’apertura di sei finestre a sesto acuto, come mostrano le immagini del tempo (fig. San Francesco alle Scale 01).

Nonostante questo suo utilizzo militare, esso viene comunque considerato un momento molto rilevante per il patrimonio: è infatti annoverato dal Soprintendente per la Conservazione dei Monumenti delle Marche, Bocci, tra i principali edifici della città. Nello specifico, nel documento del 5 febbraio 1916, il portale è considerato, come mostra la presenza del simbolo dell’asterisco, tra i più “esposti a nuovi ed ulteriori danni di guerra e che perciò saranno di preferenza oggetto dei provvedimenti conservativi con i quali codesto benemerito Genio Militare probabilmente si propone di salvaguardare quegli monumenti dal tiro di navi a da quello degli aeroplani” (fig. San Francesco alle Scale 02-04).

Nella raccomandata datata 25 novembre 1916 (figg. San Francesco alle Scale 05-06) sono indicati i sei edifici per i quali vengono predisposti lavori di protezione della facciata, mediante opere murarie e sacchetti di sabbia, “basate su fondazioni anche di non lieve profondità, eseguite in calcestruzzo o cemento”. La Chiesa di San Francesco alle Scale viene tutelata coprendo il portale con una solida opera di difesa. La struttura, vista la rilevante altezza del portale dal piano stradale, poggia su un basamento in calcestruzzo ed è costituita da muri in laterizi, tramezzi e sacchetti di sabbia (fig. San Francesco alle Scale 07).