Sono stati utilizzati due principali metodi di pulitura: iniziale pulitura a secco, con gomma wishab, e poi a umido, con tamponi d'acqua demineralizzata, che si sono rivelati particolarmente adeguati su quasi tutte le superfici dipinte.

Per le figure delle Sibille, nei pennacchi, è stato necessario intervenire con impacchi di carta di fibra vegetale (carta giapponese) ed acqua demineralizzata, preceduti, dove la superfici non presentavano problemi di microsollevamento o decoesione, da una pulitura a secco. Le cornici degli archi sono state trattate con impacchi di carbonato d'ammonio in soluzione per la rimozione di macchie e degli accumuli tenaci di precedenti ridipinture.

L'intervento con carbonato d'ammonio è stato testato anche nel medaglione centrale della volta (raggi luminosi, sfondati, nuvole e parte figurata) dimostrandosi molto efficace ma poco controllabile, per la salvaguardia delle finiture originali, e inadeguato ad ottenere uniformità. Si è preferito pertanto pulire tutta la decorazione della volta con acqua demineralizzata applicata a pennello attraverso carta giapponese, successivamente rimossa a tampone.

La pulitura che è stata realizzata viene definita selettiva poiché ogni zona è stata preventivamente campionata per verificare la tenuta delle componenti originali ed per individuare il livello di "leggibilità" più appropriato.

Insieme alle operazioni di pulitura sono state effettuate, localmente e puntualmente, quelle di fissaggio della pellicola pittorica mediante applicazioni a pennello di alcol polivinico o blande soluzioni di resina acrilica (decorazione della volta, quadrature e pennacchi).