E’ la più antica tra le biblioteche universitarie italiane essendo nata col nome di “publica Libraria” nel 1629, a “commodo" e "decoro” e "ornamento maggiore" dello Studio patavino, come sancì il decreto del Senato della Repubblica veneta del 5 luglio 1629. La prima sede fu nel convento dei Gesuiti presso Pontecorvo (l’attuale ospedale civile), il primo bibliotecario fu l’umanista Felice Osio, ideatore e principale sostenitore dell’istituzione a Padova di una moderna struttura bibliotecaria in funzione dell’Università. Nel 1632 la biblioteca venne trasferita nel palazzo prefettizio, in piazza Capitaniato, nella prestigiosa Sala dei Giganti, così chiamata per gli affreschi di grandi dimensioni raffiguranti gli eroi dell’antichità, e nello stesso anno il patrimonio librario si arricchì con l’acquisto dei manoscritti appartenuti al matematico svizzero Bartolomeo Sovero. Con la caduta della Repubblica Veneta la biblioteca rimase chiusa dal 1797 al 1805. Alla riapertura e per i primi due decenni dell’Ottocento, l’Istituto acquisì un gran numero di libri accumulati a Padova, nell’ex monastero di Sant’Anna, in seguito alla soppressione delle Corporazioni religiose per opera di Napoleone.
Furono così incamerati manoscritti, incunaboli e libri a stampa provenienti dalle biblioteche di circa 40 monasteri tra cui quello dei Domenicani, degli Agostiniani e dei Teatini di Padova, dei Benedettini di S. Giorgio Maggiore di Venezia, dei Carmelitani scalzi di S. Giorgio in Alga, oltre al patrimonio di prestigiose biblioteche come quelle di S. Giustina e di S. Francesco Grande di Padova, senza tralasciare biblioteche claustrali minori (Camaldolesi di Rua, Conventuali di Este, Conegliano, Vicenza etc...).
Con la seconda ondata di soppressioni, nel 1867, dopo l’unificazione nazionale, si ebbe un nuovo consistente incremento, con un aumento complessivo di circa 13.000 opere, tra cui molte di notevole pregio scientifico e letterario.
Nell’Ottocento entrarono in biblioteca i fondi della Nazione germanica relativi ai suoi due rami, degli artisti e dei giuristi, che rappresentano una raccolta ricca e curata, presumibilmente sorta con i doni degli studenti o a spese dell’erario. A partire dal 1866 le vicende istituzionali dell’Universitaria padovana sono quelle di tutte le altre biblioteche degli Stati preunitari, alle quali il nuovo Stato italiano intese dare un ordinamento comune.
Nel 1912 la Biblioteca lasciò la prestigiosa sede della Sala dei Giganti diventata ormai, dopo quasi tre secoli, del tutto insufficiente, per occupare la sede attuale, un edificio demaniale che fu il primo costruito in Italia con criteri moderni appositamente per uso bibliotecario.
Il progetto fu realizzato dall’ing. Giordano Tomasatti. L’edificio ha una pianta semplice e abbastanza funzionale e si compone di due parti : un avancorpo a due piani, comprendente gli uffici e gli ambienti destinati all’uso pubblico ed una torre libraria, a cinque piani, sulla parte posteriore, adibita a magazzino per i deposit librari. Al centro dell’avancorpo si trova l’atrio con scalone “a tenaglia” di collegamento con il piano superiore.
Dal dicembre 1974 l’Universitaria fa parte del Ministero per i beni culturali e ambientali, attualmente Ministero dei beni e delle attività culturali e del turismo.