Nei primi mesi dall’istituzione della nuova Prefettura dell’Adriatico (19 gennaio 1806 – 19 aprile 1814) le stanze dei Ridotti dei Procuratori di San Marco sono ancora occupate da uffici sopra commissarie, confraternite e opere pie. A documentarlo è una lettera inviata da Jacopo Morelli al Magistrato civile nel maggio 1806, dove il bibliotecario chiede nuovamente e senza successo di ottenere le dieci stanze contigue al fine di ingrandire la Biblioteca. Lamenta inoltre la condivisione dello scalone d’accesso con i dipartimenti. La richiesta è ribadita il 7 luglio in una missiva indirizzata al generale Miollis, luogotenente imperiale, riferendosi ancora alla necessità di ampliamento in seguito alle nuove acquisizioni, provenienti dalle soppressioni dei conventi. Non solo non è accontentato, ma la stessa Biblioteca è trasferita a Palazzo Ducale con il decreto vicereale del 29 agosto 1811. Gli ambienti dei Ridotti sono presto coinvolti nei lavori di riorganizzazione degli edifici dell’intera piazza finalizzati alla realizzazione della reggia imperiale. Già nell’agosto del 1806 il progetto viene affidato a Giovanni Antonio Antolini, Regio Architetto e Direttore delle Fabbriche dei Palazzi Reali, sostituito nel 1810 da Giuseppe Maria Soli. Il progetto prevede che le Procuratie Nuove, la Libreria Sansoviniana, gli ex Ridotti dei Procuratori di San Marco, insieme alla nuova Ala Napoleonica, frutto della demolizione della Chiesa di San Gimignano, divengano Palazzo Reale. Più precisamente i nove appartamenti dei Procuratori di San Marco nelle Procuratie Nuove sono adibiti ad appartamento imperiale, mentre le sale occupate dalla Libreria e quelle affacciate sulla Piazzetta fino al molo sono destinate all’appartamento del viceré, Eugenio di Beauharnais, principe di Venezia. Gli spazi assegnati non sono però mai abitati nel breve periodo della dominazione francese. Nei suoi soggiorni veneziani insieme alla moglie il viceré alloggia infatti nelle Procuratie Nuove, mentre Napoleone durante la sua unica visita alla città nel novembre del 1807 dimora a Palazzo Ducale. Molti artisti sono impegnati dal 1807 fino alla caduta dell’Impero nel progetto di ristrutturazione e decorazione della reggia, che deve rappresentare il nuovo dominio e una diversa visione culturale e artistica. I Ridotti dei Procuratori di San Marco de supra non subiscono modifiche strutturali a differenza di quelli de citra e de ultra. L'ingresso alla residenza vicereale è previsto dalla scala sansoviniana e il Salone della Libreria adibito a stanza di ricevimento. La decorazione pittorica in stile neoclassico dell’appartamento di Beauharnais è affidata al pittore Felice Giani, amico di Antolini e al servizio della corte francese già a Milano, Roma e Bologna, con la collaborazione di Gaetano Bertolani. L’attribuzione di queste pitture è già riportata nella Guida per la città di Venezia di Giannantonio Moschini pubblicata nel 1815 e ripresa da Giovanni Parolari ne Il forestiere istruito del 1819. Il 20 marzo 1808 l’allestimento dell’appartamento è concluso, come riporta una lettera inviata dall’ingegnere Giuseppe Mezzani all’Agente della Corona a Venezia Zanetti. Alle pareti delle sale è presente dal 1808 della tappezzeria verde proveniente da Milano.