I ritratti dei Procuratori di San Marco de supra rimangono nei Ridotti sino alla caduta della Serenissima, quando vengono provvisoriamente trasportati dai francesi nel Depositorio Demaniale della ex Commenda di Malta, ovvero nella Chiesa sconsacrata di San Giovanni Battista del Tempio detto dei Furlani. Esistono svariati elenchi demaniali dei depositi del nuovo governo, che tuttavia spesso presentano una numerazione confusa, causata dalla movimentazione delle opere o dalla loro redistribuzione nelle sedi delle nuove istituzioni governative.

Durante questa transizione, Pietro Edwards, nel 1808, compila un accurato Elenco degli Oggetti di Belle Arti scelti e a disposizione di sua Altezza Imperiale Eugenio Napoleone, rimasti nei depositori, al fine di individuare le opere atte a costituire le nuove collezioni accademiche e museali. Tra queste è inclusa anche la collezione delle Gallerie dell'Accademia, formatasi grazie all'ordine di consegna del 1807 degli oggetti d'arte demaniali del nuovo Direttore generale della Pubblica Istruzione, Leopoldo Cicognara. Egli tenta di trattenere a Venezia più opere possibili con la scusa della fragilità e del cattivo stato di conservazione. Grazie al suo intervento molti ritratti dei Procuratori di San Marco si trovano attualmente alle Gallerie dell'Accademia, in parte nei depositi.

Tra le istituzioni che, basandosi su questi elenchi, avanzano in seguito richieste per ottenere opere d'arte al fine di arricchire le proprie collezioni vi è anche la Pinacoteca di Brera a Milano, divenuta capitale del Regno d'Italia.  Ecco dunque il motivo per cui ancora oggi è conservata in questo museo la lunetta del Tintoretto con La Pietà (o Deposizione di Cristo) della terza stanza dei Ridotti.

Successivamente anche il governo austriaco intende formare le proprie collezioni accademiche su modello francese. A Venezia si stilano nuovi elenchi, studiati e pubblicati da Gustav Ludwig in Documente über Bilder sendungen von Venedig nach Wien in den Jahren 1816 und 1838 aus dem Archivio di Stato zu Venedig. In particolare in un documento del 1838, redatto dal custode dell'Accademia di Vienna Giuseppe Führich e dal pittore restauratore Erasmo Engert, sono elencati i quadri prescelti per l'Imperiale Galleria di Vienna (Belvedere) e si indicano quelli che meritano di essere conservati, ancora presenti nei depositi. Per ciascuna opera si specificano le misure, la provenienza recente e quella più antica, l'autore, il supporto, il soggetto ritratto e il prezzo. Inoltre Ludwig descrive i sigilli e timbi dei dipinti sia impressi, sia in ceralacca, riuscendo così ad indentificarne alcuni con certezza ed evidenziando la confusione e la discordanza tra numerazione dei vecchi elenchi e quella dei nuovi.

Solo dopo la prima guerra mondiale alcune di queste opere sono restituite a Venezia, in qualche caso sono riportate nelle originarie collocazioni, altre vengono depositate presso le Gallerie dell'Accademia di Venezia.

L'individuazione delle opere della Quadreria dei Procuratori sono oggi possibili grazie agli studi di Giuseppe Fiocco, alla ricognizione sul patrimonio delle Gallerie di Sandra Moschini Marconi, e alle ricerche su Domenico Tintoretto di Paola Rossi, su Alberto D'Olanda (Lambert Sustris) di Arthur Peltzer e quello su Jacopo Tintoretto di Detlev Von Hadeln.