Durante la prima dominazione francese (12 maggio - 17 ottobre 1797) le materie trattate dai Procuratori di San Marco vengono assegnate al Comitato alle sussistenze e ai pubblici soccorsi; tale ufficio, composto da cinque membri, emana provvedimenti per i bisognosi e i senzatetto, calmiera i prezzi dei viveri di prima necessità e aiuta gli ospedali e gli istituti di beneficenza. Risponde direttamente a questo comitato la Commissione sulle pie fondazioni o Deputazione alle cause pie. L'ambizioso progetto è quello di formare un organo centrale, la Casa Patria, in grado di controllare e gestire pubblicamente tutte le attività e i luoghi di assistenza (ospedali, scuole, fraterne). Le stanze prima occupate dai Ridotti dei Procuratori di San Marco ospitano tale organo, anche se in più occasioni vengono richieste al Comitato all'istruzione pubblica dal Prefetto bibliotecario Jacopo Morelli per ampliare gli spazi ormai insufficienti della Libreria Nazionale. Nonostante il decreto favorevole alla cessione del settembre 1797, l'efficacia del provvedimento è subordinata al consenso dell'istituzione occupante che mai lo concede. Anche nel periodo della prima dominazione austriaca (18 gennaio 1798 - 18 gennaio 1806) le stanze ospitano uffici governativi con mansioni analoghe, il Dipartimento dell'Amministrazione delle commissarie dell'ex Procuratie. Nel dicembre 1800 Morelli invia una missiva direttamente al barone Thugut, ministro dell’Imperatore, chiedendo nuovamente di poter ottenere due nuove stanze per ampliare la rinominata Libreria Pubblica. Queste vengono concesse nell’edificio delle Procuratie Nuove, accanto a quelle già assegnate nel 1724 e nel 1792 dagli stessi Procuratori.