Nel 1560 Fulvio della Corgna ottenne in commenda l'Abbazia dei Sette Frati. Al contrario dei precedenti beneficiari, il cardinale si preoccupò di promuovere un'ampia opera di ristrutturazione del complesso, favorendone la trasformazione in residenza di campagna, a cui si accede attraverso un arco monumentale. Il progetto, che andò ad alterare notevolmente l'architettura benedettina, fu probabilmente affidato, intorno al 1570, a Galeazzo Alessi. In questa occasione, l'intera chiesa fu inglobata in una nuova struttura in laterizio e l'antica copertura a capriate fu sostituita da volte a botte. All'interno, contestualmente alla riduzione della lunghezza della navata, conseguente alla costruzione di un imponente muro traverso cui andò ad addossarsi un nuovo altare in posizione più avanzata, si rese necessario interrare parzialmente la cripta sottostante, affinché potesse accogliere le strutture di fondazione e di sostegno del nuovo muro. La ristrutturazione voluta dal cardinale non tralasciò l'adiacente monastero, modificandolo profondamente con la conversione dell'antico chiostro in cortile porticato e la messa in opera di una loggia al primo piano.