Il lavoro politico e parlamentare di Cotugno, oltre ai vari impegni istituzionali e l'attivismo interventista degli anni della guerra, si rivolse anche alle battaglie meridionaliste. In particolare Cotugno era interessato al ruolo futuro di Bari il cui sviluppo economico di capoluogo di regione, con la realizzazione di interventi come quelli per il completamento del porto e l'istituzione dell'Università degli studi, avrebbe comportato anche lo sviluppo dell'intera regione.  Alcune battaglie storiche del Mezzogiorno come il completamento dell'Acquedotto pugliese, gli interventi in agricoltura e per i contratti agrari, lo sviluppo di infrastrutture ferroviarie, gli interventi per una più efficiente rete fognaria, per gli impianti di irrigazione e di bonifica come per il Pantano di Ruvo e il Locone di Minervino, per la tutela dei monumenti, lo videro in prima linea perchè lo sviluppo economico, sociale e culturale del Mezzogiorno era per lui un'emergenza nazionale.

Quindi negli anni della guerra si impegnò molto nelle battaglie a fianco della sua gente e per alleviare le condizioni di estrema povertà e di abbandono dei contadini. Infatti i sindaci di Ruvo, Minervino, Spinazzola e Canosa gli chiesero di intercedere presso il Governo per ottenere misure urgenti in favore della popolazione quali mutui agevolati per lavori pubblici e la costruzione di scuole ed asili (per dare lavoro a falegnami, muratori, carpentieri), maggiori risorse per il credito e riforma dei contratti agrari, assunzione di cooperative di artigiani per i lavori al fronte o all'estero, invio di prigionieri di guerra per aiutare donne, bambini, anziani nel lavoro dei campi, maggiori compensi per i bovini requisiti a prezzi da fame, aumento degli indennizzi in agricoltura per la perdita del raccolto (ad es. a causa della fillossera), agevolazioni fiscali per i comuni adriatici a rischio bombardamento, per una più equa distribuzione del lavoro di confezionamento di indumenti militari che, purtroppo, rimaneva circoscritta ai soli centri urbani. Spesso Cotugno dovette presentare interrogazioni in Parlamento per la mancata realizzazione degli interventi promessi e sollecitare l'interesse del Governo sulle difficoltà del Mezzogiorno. Si conta che di tutti gli investimenti statali negli anni del conflitto il 70% fosse destinato al Centro Nord contro il 30% al Sud e Isole. 

Per accedere alla documentazione dell'Archivio Cotugno consultare il catalogo a schede della Biblioteca nazionale di Bari; in ManusOnLine sono visualizzabili le schede degli Album confezionati da Cotugno dal 1908 al 1919 

http://manus.iccu.sbn.it//opac_ElencoSchedeDiUnFondo.php?ID=1721

In questa Photogallery viene presentata una selezione tra i documenti più interessanti relativi alla Puglia; tra questi ci sono anche alcuni ritagli di giornale che Cotugno aveva inserito nei suoi Album. Le numerose macchie scure riscontrabili su questi materiali sono il risultato dell'interazione chimica tra l'acidità della carta e degli inchiostri e la colla che lo stesso Cotugno utilizzava per fissarli sui supporti cartacei.v