Donatella Mares, Chiara Beatrice Vicentini
Nel XVI secolo in tutta Europa vi fu un fiorire di opere medico-botaniche, importanti perché segnarono il ritorno all'osservazione. L'erbario De Historia stirpium di Leonhart Fuchs del 1542 rappresenta una pietra miliare nello sviluppo della storia naturale, raccogliendo il più grande numero di specie allora conosciute con illustrazioni xilografiche di grande effetto e bellezza. I disegni, a piena pagina, riportano la denominazione in latino e in tedesco volgare. A fronte per ciascuna pianta vi è la scheda descrittiva con i caratteri botanici, l'areale, il tempus (l'odierno tempo balsamico), temperamentum e vires, cioè le indicazioni terapeutiche attribuite dagli autori classici. Pietro Andrea Mattioli fu il divulgatore più autorevole del De materia medica di Dioscoride, padre della farmacognosia. I suoi Discorsi ebbero almeno una sessantina di edizioni tra il 1500 e il 1700, anche in formato tascabile, più adatto ad una veloce consultazione da parte di medici e speziali. Il progredire delle catalogazioni utilitaristiche delle piante, eseguite quasi sempre in ordine alfabetico, diede origine ad opere in cui si rivelava sempre più la grande variabilità del mondo vegetale, con l'acquisizione di nuove specie importanti dal punto di vista alimentare, medicinale e ornamentale, importate dalle spedizioni in paesi lontani, fino ad allora inesplorati. I medici-botanici di questo periodo erano di solito grandi viaggiatori, come Alpino (De plantis exoticis del 1629).
Nel Rerum medicarum novae Hispaniae del 1651 Hernandez (nella rielaborazione del Recchi) descrive sommariamente nuove piante dotate di virtù terapeutiche, ma anche animali strani, al limite del fantastico. Il pensiero del tempo era ancora dominato dalla necessità di riconoscere la pianta per i suoi usi medicinali, ma si notava la ricerca di uno schema di riconoscimento e di nomenclatura che diverrà una scienza a sé, la botanica sistematica. La teorizzazione di un sistema logico in cui suddividere le piante fu sviluppata inizialmente da Cesalpino (1519-1603), che le raggruppò sulla base dei loro caratteri morfologici. Nacque così il primo sistema gerarchico di classificazione che ebbe il merito di portare agli speziali un forte cambiamento: non era necessario conoscere tutte le piante, si richiedeva solo la capacità di seguire una procedura logica di suddivisione. Gli erbari persero così la funzione di mezzo terapeutico, proprio dell'epoca medioevale e rinascimentale e acquisirono un fine naturalistico. Monumentali sono le opere di Dodoens, di Besler e soprattutto dei fratelli Bauhin. La divisione tra Botanica medica e Botanica sistematica diverrà più netta nel 1700 con Tournefort (Institutiones rei herbariae) e culminerà con Linneo, separando così le scienze naturali da quelle terapeutiche. La botanica, come scienza a parte non più solamente medica, entra a far parte della grande famiglia delle scienze naturali (Dizionario delle scienze naturali 1830).