Nel corso dei secoli le fiamme dilagarono diverse volte all’interno della Biblioteca: nel 1667, nell’allora Libreria Ducale, nel 1942, durante il Secondo Conflitto Mondiale e nella notte tra il 25 e il 26 gennaio del 1904. 

Le perdite per la Biblioteca furono ingenti, soprattutto per ciò che concerne l’importante patrimonio manoscritto, di cui fu distrutto circa un terzo del posseduto (1500 su 4500 volumi). 

Repentina fu la costituzione di una commissione incaricata di attuare i provvedimenti  necessari  per  il  recupero  e  l’identificazione del materiale danneggiato e venne costituito un laboratorio per il restauro, il primo in Italia in una biblioteca statale. 

Il disastroso evento mosse le coscienze della cultura italiana ed europea che vedevano la Biblioteca come “universitaria di origine e di nome ma autonoma nella sua azione, aveva condiviso la temperie positivista che a Torino aveva prodotto l’attività di personalità come Lombroso e Peano e godeva di grande prestigio non soltanto tra i circoli culturali e scientifici ma era sentita come proprio inestimabile patrimonio dall’intera città”.