Parmi les nombreux et riches fonds dont la Bibliothèque Estense peut se targuer, la collection de manuscrits musicaux se distingue par son ampleur et son homogénéité, constituant une source essentielle pour l'histoire de la musique du XV^e au XVIII^e siècle. Continuellement enrichie jusqu'au XIX^e siècle, la collection fut fortement accrue par les ducs Hercule I^er (1471-1505) et Alphonse II (1559-1597), tous les deux résidant à Ferrare, ainsi que par François II (1662-1694). Ce dernier, presque un siècle après le transfert de la cour à Modène, revigora le mécénat des Este en matière de musique. Par conséquent, aujourd'hui la configuration du fonds musical de l'ancienne bibliothèque ducale coïncide largement avec la physionomie que celui-ci avait au XVIII^e siècle. De la première période ferraraise, il reste de riches codes manuscrits réalisés pour la chapelle ducale, qui avait été fondée par le marquis Lionel dans la moitié du XV^e siècle. Par contre, du gouvernement successif du duc Alphonse II, il reste de nombreuses cinquecentine (ouvrages imprimés au XVI^e siècle) contenant des madrigaux et des codes manuscrits. Le fonds laissé par François I^er ne provient que partiellement de la production de et pour Modène, car il reflète plutôt un vaste intérêt pour la collection et le désir de documenter largement l'activité musicale de l'époque.