Il mondo conosciuto è interamente circondato dalle acque com'è consuetudine nei mappamondi medievali. Fra' Mauro mette in guardia i naviganti dai numerosi pericoli del viaggio in mare, indicando la presenza di aque tegnente e del mar delle tenebre che limitano il confine dell'ecumene. In un'iscrizione a sud dell'Africa è scritto: «Qui comenza el mar scuro» (n. 2). Le acque del Planisfero narrano infatti di naufragi, relitti, gorghi e pericolose correnti, immagini simbolo della paura dell'ignoto dell'uomo medievale. Anche in questo aspetto è possibile riscontrare l'influenza della cartografia araba, dove l'oceano è spesso definito Mare delle Tenebre (Bahr al-Zulumat) o Mare Verde (Bahr al-Akhdar) e l'elemento oscuro compare frequentemente. Nell'acqua è anche possibile notare la traccia di due mostri marini successivamente rimossi, cioè una grande piovra lungo la coste atlantiche dell'Africa e un drago nell'Oceano Indiano. La correzione indica un ripensamento, a ulteriore conferma del fatto che l'elemento fantastico ha spesso una connotazione puramente letteraria. Nonostante tutto ciò è riscontrabile nel Mappamondo l'intenzione di rendere conoscibile l'ignoto. Fra' Mauro cerca di descrivere gli oceani, nominandoli (Athlanticus, Chataicus, Sericus) e definendone se possibile le caratteristiche. Dimostra la navigabilità dell'Oceano Indiano, fornendo molti dettagli e indicando, nelle legende vicino a Giava e all'isola di Hormuz, le principali vie commerciali verso l'Asia centrale, la Persia e l'Europa. Vari toponimi e dettagli dell'area hanno un'origine linguistica e culturale orientale, come nel caso dell'isola Duiamoal, dall'arabo Dhibat-al-Mahal, le odierne Maldive, raggiunte e descritte dall'esploratore marocchino Ibn Battuta (1304-1368) nel 1343 o del pericoloso gorgo lungo le coste del Bengala, definito “del dragone” dalla cartografia orientale. Nel Planisfero si possono osservare ben sessantatrè imbarcazioni di varia forma e provenienza.