L'imponenete facciata della chiesa di San Francesco alle scale domina la piccola piazza su cui affaccia. Essa è opera dell'artista di orgini croate Giorgio di Matteo da Sebenico che in città realizzò anche la facciata della Loggia dei mercanti e quella della chiesa di Sant'Agostino. L'edificio religioso, oggi dedicato a san Francesco, venne costruito nel 1323, ristrutturato nel corso dei secoli, venne poi completamente rinnovato nel XVIII secolo per opera dell'archittetto Ciaraffoni che, aumentanto il volume interno della costruzione, modificò completamente l'armonia della facciata quattrocentesca. Ancora oggi ad abbellire la facciata è il grandioso portale, ricco di statue e di rilievi, serrato tra due pilastri ornati di sculture- san Bernardino e santa Chiara nella parte inferiore e san Ludovico da Tolosa e sant'Antonio di Padova in quella superiore). Al centro, sopra la porta di accesso, una lunetta con un bassorilievo rappresentante San Francesco stigmatizzato.

L'interno della chiesa, ricostruito dopo i bombardamenti della Seconda Guerra Mondiale, conserva pregevoli opera quali: l'Assunta di Lorenzo Lotto e una pala di Andrea Lilli con la raffigurazione della Santa Casa di Loreto e Santi. Molto interessante è la tavola il Battesimo di Cristo, originariamente commissionata per la chiesa di S. Agostino, realizzata da Pellegrino Tibaldi, poichè commissionata all'artista da uno dei più ricchi mercanti armeni presenti in città nella seconda metà del XVI secolo: Giorgio Morato. Lo stesso mercante commissionò all'artista Siciolante da Sermoneta una pala raffigurante Madonna con Bambino e Santi, oggi conservata alla Pinacoteca di Brera, originariamente collocata nella chesa di San Bartolomeo (oggi San Gregorio Illuminatore).