Il complesso noto, ai nostri tempi, come mole vanvitelliana venne costruito come nuovo lazzaretto della città di Ancona nel XVIII secolo. Il progetto fu affidato da papa Clemente XII all'architetto Luigi Vanvitelli incaricato anche di ristrutturare il porto dorico. I lavori inziarono nel 1733 e terminarono dopo altre dieci anni. 

Posta all'interno del golfo di Ancona, la costruzione sorge su di un'isola artificiale ed è collegata alla terra ferma grazie a tre ponti; tuttavia, in origine, l'edificio era raggiungibile dalla costa solo attraverso imbarcazioni poichè destinato all'isolamento, per ragioni sanitarie, delle persone e delle merci. L'edificio, dall'insolito perimetro pentagonale, nelle stanze della parte più interna aveva i locali destinati alla quarantena delle persone, fino a due mila, mentre in quelle che affacciavano all'esterno, più grandi, erano ospitate le merci. Al centro del cortile interno, anch'esso pentagonale, si erge il tempietto, in stile neoclassico, dedicato a San Rocco al di sotto del  quale si cela una rete di cisterne che permetteva l'approvigionamento idrico a tutta la struttura in completa automia dalle strutture cittadine.

Nel corso dei secoli la mole è stata usata come ospedale miltare, fino a diventare, alla fine del XIX secolo, raffineria di zucchero, trasformata poi, nel XX secolo, in cittadella militare e a partire dalla metà degli anni Quaranta del XX secolo deposito di tabacchi.