Terminazione urbana della via della Loggia, la Chiesa di Santa Maria, con la pertinente piazza, costituisce un'importante presenza nel tessuto urbano di Ancona già a partire del XI sec..

La testimonianza di Bartolo Barnabei (1493) sottolinea l’importanza della chiesa dal punto di vista della topografia degli spazi dello scambio e dei nodi urbani, determinata in primo luogo dalla vicinanza del porto, e la pertinente piazza diviene il luogo abituale dello svolgimento del mercato settimanale prima della costituzione della vera e propria Piazza del Mercato tanto da venir denominata Santa Maria del Mercato: “dicto loco era antiquitus usitato farse el mercato publico caduna settimana, como al presente se fa ne la piazza nova”. 

Inoltre, la vicinanza con il Palazzo della Dogana, determina la transizione del toponimo in Piazza della Dogana. Prima titolazione della chiesa è quello di Santa Maria del Canneto, probabilmente riferita alla collocazione in una zona paludosa, e l’aspetto attuale è il frutto di molteplici trasformazioni: la facciata ad archetti ciechi in pietra bianca viene fatta risalire al XIII sec. ed il sisma del 1690 provoca il crollo del campanile.