La villa fu acquistata nel 1697 per la sua vicinanza alla Villa medicea La Petraia dal Consigliere del Granduca Cosimo III de’ Medici, Filippo Corsini, che ne affidò la ristrutturazione a Giovan Battista Foggini (1652-1725), architetto e scultore granducale. Le vicende di Villa Corsini sono legate a doppio filo alla famiglia Medici. L’abitazione, poi trasformata dal Foggini, e il giardino, limitrofo a quello della Petraia, furono per un periodo di proprietà di Cosimo II ( intorno al 1618), che li acquistò proprio in virtù della vicinanza con i possedimenti granducali della zona di Castello.

Nel 1968 la villa fu donata allo Stato italiano da Galliano Boldrini e ospita dalla fine degli anni Ottanta un deposito di reperti della Soprintendenza Archeologica della Toscana, in origine sistemati negli ambienti di palazzo della Crocetta, da dove furono rimossi dopo l’alluvione del 1966.

La sistemazione data alle opere non è un allestimento museale nel senso tradizionale del termine, ma mira a restituire visibilità alle opere conservate nella villa.

Nelle sale del piano terra si è voluto recuperare parte della fastosa decorazione di marmi antichi che un tempo componevano il magnifico “Ricetto delle Iscrizioni” degli Uffizi, allestito dal Foggini per Cosimo III. L’ambiente, in cui erano stati raccolti marmi vari, iscrizioni e sculture, aveva funzione di ingresso alla Galleria degli Uffizi, ma fu smantellato introrno al 1920.

Nel salone delle feste, splendidamente decorato con vedute di rovine immerse in un’amena campagna, inserite in uno spartito architettonico dipinto, sono stati collocati alcuni fra i marmi più significativi della raccolta del Museo Archeologico mentre nel grande cortine interno hanno trovato posto i sarcofagi etruschi.

Al primo piano il visitatore potrà invece ripercorrere la storia del quartiere di Castello e della città etrusca di Gonfienti ( presso Calenzano),  grazie all’esposizione dei reperti rinvenuti nel territorio, come i resti del corredo della “Tomba della Mula” (fine VII sec. a.C.) e sculture funerarie come il “Cippo di Settimello” (metà VI sec. a.C.).