L'Archivio di Campobasso fu istituito, come Archivio provinciale, ai sensi della legge organica degli archivi del 12 novembre 1818, la quale stabiliva che in ogni provincia fosse attivato un Archivio pubblico, dipendente dalle segreterie delle rispettive Intendenze, in un locale ad esse contiguo e con il compito di conservare le carte, prodotte dalle magistrature precedenti al periodo francese e da quelle appartenenti al nuovo sistema giudiziario e amministrativo del Regno, quando non fossero più necessarie per le attività correnti
La legge del 1818 era stata preceduta dal decreto murattiano del 22 ott. 1812 e dalla successiva legge del 12 dic. 1816.
L'Archivio provinciale di Campobasso iniziò a funzionare regolarmente nel dicembre del 1825, quando, dopo vari spostamenti, venne individuata una prima sede.
A seguito del r.d. n. 1391 del 22 sett. 1932 divenne Archivio provinciale di Stato.
Successivamente, con la legge n. 2006 del 22 dic. 1939, assunse il nome di Sezione di Archivio di Stato e, con il d.p.r. 30 sett. 1963, n. 1409, quello di Archivio di Stato.
La sede dell'Istituto, nel corso di un secolo e mezzo, ha subito vari spostamenti poiché i locali disponibili si presentavano spesso fatiscenti e non idonei alla conservazione di materiale cartaceo. Solo nell'ottobre del 1971 l'Archivio di Stato si è trasferito in un nuovo edificio, ubicato nel centro storico cittadino.
In seguito all'istituzione della Provincia di Isernia, avvenuta con decreto legge del 3 marzo 1970, fu attivato anche il relativo Archivio di Stato. Pertanto, nell'anno 1972, il materiale cartaceo di competenza della nuova Provincia fu trasferito dall'Archivio di Stato di Campobasso a quello di Isernia.
I fondi archivistici custoditi presso l'Archivio di Stato di Campobasso non esauriscono, naturalmente, la documentazione relativa alla città ed alla sua provincia, infatti, per integrazione, è necessario estendere la ricerca sui fondi conservati presso l'Archivio di Stato di Napoli, nato come Archivio Generale del Regno con il r.d. 22 dicembre 1808.